Сценарии Nautilus обычно помещаются в $HOME/.gnome2/nautilus-scripts/ и должны исполняться. При этом скрипт должен делать то, что вам нужно:
#!/bin/bash
IFS='
'
for file in $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS; do
gksudo -k "sh -c 'chmod +x $file; $file'"
done
Вы можете получить доступ к этому сценарию из nautilus, щелкнув правой кнопкой мыши по файлу, наведя курсор на меню сценария, а затем нажав на имя файла сценарий в $HOME/.gonme2/nautilus-scritps/. Вы все равно должны вводить свой пароль.
Нет безопасного способа сделать это с произвольными файлами без ввода пароля. Для специальных команд процесс описан в сообщении brunopereira81 здесь и использует sudo, но в зависимости от команд приведет к уязвимой системе. Если вам все равно (и я настоятельно советю против этого), вы можете установить команды ALL для использования NOPASSWD и заменить gksudo на sudo.