Мне приходилось сталкиваться с такими же проблемами при попытке распечатать pdf с акцентами. Я пришел к выводу, что это проблема с ghostscript, поскольку CUPS использовал ее при растрировании PDF через фильтр gstoraster. Я также понял, что недавний двоичный код ghostscript в автономном режиме отлично справляется с задачей.
НО я бы не советовал подставлять /usr/bin/gs, потому что он может разорвать некоторые зависимости (например, CUPS)!
Вместо этого я предлагаю вам взглянуть на инструмент pdfimages из poppler-utils