Вы используете неправильную версию для построения dkms. Попробуйте следующее:
sudo dkms install virtualbox/4.1.12
Кажется, что это сработало для меня. Это после установки пакета virtualbox-dkms, конечно.
Попробуйте fdisk sudo update-grub и sudo reboot. Ubuntu 12.04 по-прежнему глючит. Надеюсь, здесь вы найдете более необходимую информацию
Это похоже на проблему, с которой я столкнулся с одной из моих машин. Это было разрешено путем установки проприетарных драйверов графических карт (в моем случае из AMD). Если ваш компьютер подключен к Интернету, вам будет предложено установить ограниченные драйверы. Вы можете скачать драйверы вручную со следующих сайтов:
Драйверы AMD Драйверы NVIDIA