Я установил пакет folder-color из репозиториев Ubuntu, а также PPA, запустил команду nautilus -q, перезагрузил, изменил темы (я использую papirus-adapta-nokto, но он не работает в ubuntu-mono-dark ни один из их аналогов), перезагрузились и неоднократно пытались изменить цвет папки.
Проще говоря, есть возможность изменить цвет; он просто ничего не делает! (?)
Я запускаю Ubuntu 17.10 amd64 и использую среду рабочего стола Gnome с Nautilus.
Редактирование: у меня только что установлен Ubuntu 18.04 с чистой установкой. Цвет папки по-прежнему не работает.