Просто в терминале:
synclient TouchpadOff=1
Однако вышеизложенное, похоже, больше не работает в Ubuntu 16.04. В этом случае xinput все еще работает:
xinput set-prop `xinput --list | awk '/TouchPad.*pointer/ {print $7}' | sed 's/id=\(.*\)/\1/'` "Device Enabled" 0