Мое решение следующее. Запустите терминал и скопируйте файл skype.desktop в папку ~/.config/autostart, используя:
cp /usr/share/applications/skype.desktop ~/.config/autostart/
И сделайте его исполняемым: (этот шаг был необходим в моей системе, но люди сообщили, что это не требуется) [ ! d1]
chmod +x ~/.config/autostart/skype.desktop
Это должно начинать скайп при каждом входе в систему. Надеюсь, это поможет.