Быстрое обновление к этому, так как теперь вы можете использовать 12.04, и все будет лучше.
Теперь пакет iptables-persistent решает эту проблему. Для установки,
sudo apt-get install iptables-persistent
Правила, определенные при установке пакета, сохраняются и используются при каждой последующей загрузке. Загружаемые новые правила отбрасываются при перезагрузке.
Конфигурационный файл, если вам нужно их изменить (после установки iptables-persistent), есть /etc/iptables/rules.v4 или /etc/iptables/rules.v6 для ipv4 и ipv6 iptables соответственно.