Это обычная проблема со Skype, у меня тоже. Чтобы исправить это, вам нужно установить системные настройки kde (к сожалению, нет никакой опции для курсора в qt-config, и, вероятно, это не так тривиально или разумно отредактировать qt-config вручную). В системных настройках KDE выберите опцию мыши, чтобы изменить тему курсора Qt.
Еще одно возможное решение - изменить тему по умолчанию для всей вашей системы. Запустите galternatives и измените тему x-курсора на ту, которую вы сейчас используете.