Считаете ли вы использование aptana в качестве автономной версии? Я использую aptana каждый день, и нет никакого конфликта с моим Ubuntu 12.04.
Рассмотрите вопрос на официальной странице поддержки: Aptana | Поддержка
Или посмотрите, является ли это текущей ошибкой.
Надеюсь, вы найдете решение (: