Наконец, исправлена проблема, полностью удалив Eclipse с помощью Synaptic, а затем переустановив. После переустановки я открыл его как root для обновления платформы и другого программного обеспечения, доступного для обновления. Затем я закрыл его и открыл его как обычного пользователя для установки плагина ADT. Таким образом, плагин показывает во время обычных сеансов и может обновляться в обычных сеансах, и если я хочу обновить другой компонент системы Eclipse, я могу запустить его как root.