Форматирование 1T-накопителя ext4, сколько я должен оставить свободным, чтобы избежать проблем?

Если вы используете разбиение на GPT, вам нужно сделать 1MB или так (на самом деле намного меньший) раздел для grub в самом начале диска, если вы когда-нибудь захотите его загрузить. (GParted может это сделать)

В противном случае, не беспокойтесь об этом, вы всегда можете монтировать переполненный диск, его просто пользователи, не являющиеся root, не смогут создавать файлы, и даже тогда вы можете всегда меняйте этот номер после создания файловой системы с e2fstune, поэтому не беспокойтесь об этом.