Не удается установить ubuntu рядом с окнами на dell xps 13
Опция python
Интересный вопрос. Хороший случай применения python groupby()
Поскольку ваши файлы находятся в одном, «плоском» каталоге:
#!/usr/bin/env python3
from itertools import groupby
import os
import sys
dr = sys.argv[1]
# list the files in the directory, split into "sortable" elements
flist = [[item, item.split(".", 1)] for item in os.listdir(dr)]
# sort the file list by first section (until the first found dot)
flist.sort(key=lambda x: x[1][0])
# create sub groups of the files, grouped by first section of name
for key, line in groupby(flist, lambda x: x[1][0]):
line = list(line)
# sort the files by second section of name for correct order in the csv lines
line.sort(key=lambda x: x[1][1])
# count the lines of the files, arrange the csv file
print((", ").join([str(len(open(dr+"/"+f[0]).readlines())) for f in line]))
Как это работает
Если каталог содержит девять файлов:
sample1.ext 2 lines
sample1.ext2 3 lines
sample1.ext3 3 lines
sample2.ext 1 lines
sample2.ext2 1 lines
sample2.ext3 4 lines
sample3.ext 6 lines
sample3.ext2 1 lines
sample3.ext3 4 lines
sample2
ext2
Результат:
python3 '/home/jacob/Bureaublad/create_csv.py' '/home/jacob/Bureaublad/samples'
2, 3, 3
1, 1, 4
6, 1, 4
Как использовать
Сценарий отображает файлы, разбивает каждое из имен на два раздела, например:sample2
ext2
Скрипт перечисляет файлы, разбивает каждое из имен на два раздела, например:
python3 /path/to/create_csv.py /path/to/directory_with_files
Важное примечание
Запустите его с каталогом с вашими файлами в качестве аргумента
EDIT
Метод, используется для подсчета строк, подходит, если файлы не огромны. Если файлы есть, другой метод подсчета строк приведет к лучшей производительности.
item.split(".", 1)
В результате последней информации, добавленной к вашему вопросу, была отредактирована версия скрипта. По совпадению, не так много нужно изменить: скрипт уже разбил имена файлов на первую найденную точку командой:
Поскольку последний раздел имени .bam, который равен огромный , это бессмысленно для порядка сортировки.
str(len(open(dr+"/"+f[0]).readlines()))
Тогда нам нужно только заменить «старый» способ подсчета строк файла:
str(subprocess.check_output(["samtools", "view", "-c", dr+"/"+f[0]]).decode("utf-8").strip())
Отредактированный сценарий
#!/usr/bin/env python3
from itertools import groupby
import os
import sys
import subprocess
dr = sys.argv[1]
# list the files in the directory, split into "sortable" elements
flist = [[item, item.split(".", 1)] for item in os.listdir(dr)]
# sort the file list by first section (until the first found dot)
flist.sort(key=lambda x: x[1][0])
# create sub groups of the files, grouped by first section of name
for key, line in groupby(flist, lambda x: x[1][0]):
line = list(line)
# sort the files by second section of name for correct order in the csv lines
line.sort(key=lambda x: x[1][1])
# count the lines of the files, arrange the csv file
print((", ").join([
str(subprocess.check_output(["samtools", "view", "-c", dr+"/"+f[0]]).decode("utf-8").strip())
for f in line]))
Обратите внимание на
by (реализация python и интеграция в скрипт-) команды, которую вы предоставили:
mapped.bam, rmdup.bam, sort.bam
2 ответа
Спасибо всем, кто помог мне, проблема исходила из ключа usb. Не используйте ключ UltraFit от sandisk. Он работал с дерьмовым, сделанным мной, который я снял бесплатно.
Спасибо всем, кто помог мне, проблема исходила из ключа usb. Не используйте ключ UltraFit от sandisk. Он работал с дерьмовым, сделанным мной, который я снял бесплатно.
-
1На моем Dell Inspiron 17R 7720 SE я узнал, что не смог установить с USB , когда подключались другие USB-устройства, возможно, в особенности сотовый телефон Android. – WinEunuuchs2Unix 9 October 2017 в 21:27