Установка новых версий MEEP

Question 1

Ошибки CUPS не являются проблемой.

Включен ли ваш брандмауэр, и если да, блокируется ли samba?

Является ли пользователь dylanweber также регулярный идентификатор входа в систему? Вы пытались использовать свой обычный пароль для входа (если он отличается от того, что вы установили для samba)?

Если вы пытаетесь получить доступ к ресурсу напрямую из окна linux, это работает? например:

> smbclient //1.2.3.4/storage

из приглашения в самом узле 1.2.3.4, зарегистрированном как dylanweber

Question 2

Если в официальном репозитории нет версии MEEP, вы можете рассмотреть возможность ее установки из источника:

Чтобы предотвратить случай, если что-то пойдет не так, мы должны заменить make install на checkinstall:

sudo apt-get update && sudo apt-get install checkinstall

Зависимости: В окне терминала мы выполняем:

sudo apt-get install libtool* mpich-dev* lapack* guile-2.0 guile-2.0-dev readline-dev fftw3-* paraview hdf5-* gcc-c++ scalapack-* paraview*

Переменные среды: В окне терминала мы выполняем:

gedit .bashrc

Вы можете использовать другие текстовые редакторы, если хотите. Перейдите к последней строке и закончите здесь:

LDFLAGS="-L/usr/local/lib -lm" export LDFLAGS
CPPFLAGS="-I/usr/local/include" export CPPFLAGS
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH" export LD_LIBRARY_PATH
PATH=/lib64/mpich/bin:$PATH export PATH

Создайте каталог t и введите туда:

mkdir t
cd t

Загрузите, скомпилируйте и установите библиотеку FFTW с поддержкой MPI. Эта библиотека уже была установлена на этапе 1, но библиотека hdf5 по какой-то причине работает неправильно. Поэтому необходимо скомпилировать и установить его из исходных кодов: для этой цели в окне терминала мы выполняем:

wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.14.tar.gz
tar -xf hdf5-1.8.14.tar.gz
cd hdf5-1.8.14
CC=mpicc CXX=mpicxx F77=mpif77 ./configure –-enable-parallel –prefix=/usr/local
make -j4
sudo checkinstall
cd ..

Библиотека Libctl: в том же месте мы выполняем:

wget http://ab-initio.mit.edu/libctl/libctl-3.2.2.tar.gz
tar -xf libctl-3.2.2.tar.gz
cd libctl-3.2.2
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4
sudo checkinstall
cd ..

MPB: мы компилируем и устанавливаем без поддержки MPI и OpenMP:

wget http://ab-initio.mit.edu/mpb/mpb-1.5.tar.gz
tar -xf mpb-1.5.tar.gz
cd mpb-1.5/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4 
sudo checkinstall
make distclean

При поддержке MPI и OpenMP:

CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi --with-openmp
make -j4 
sudo checkinstall
cd ..

Harminv. Выполнить:

wget http://ab-initio.mit.edu/harminv/harminv-1.4.tar.gz
tar -xf harminv-1.4.tar.gz
cd harminv-1.4/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make
sudo checkinstall
cd ..

MEEP. Без поддержки MPI и OpenMP:

wget http://ab-initio.mit.edu/meep/meep-1.3.tar.gz
tar -xf meep-1.3.tar.gz
cd meep-1.3/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4
sudo checkinstall
make distclean

При поддержке MPI и OpenMP:

CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi
make -j4
sudo checkinstall

h5utils. Программы MPB и MEEP сохраняют результаты вычислений в файлах с расширением .h5. Примечание. Этот пакет (h5utils) содержит набор программ для работы с h5-файлами, таких как h5topng (для преобразования h5-файлов в графический формат png), h5tovtk (преобразование в формат vtk, удобный для отображения с помощью Paraview) и h5totxt (преобразование в текстовый формат). Если не устанавливать и использовать эти программы, то многие результаты расчета будут просто недоступны для просмотра.

wget http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
tar -xf http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
cd h5utils-1.12.1
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4 
sudo checkinstall
cd ..

Если это произошло, так что выполнение команды «make-j4» было прервано ошибкой «[writepng.o] Error 1», то вместо трех последних команд мы выполняем:

make h5totxt
make h5tovtk
sudo mv h5tovtk /usr/local/bin/
sudo mv h5totxt /usr/local/bin/
cd ..

Для получения дополнительной информации см. это.

this

Question 3

Question 4

Если в официальном репозитории нет версии MEEP, вы можете рассмотреть возможность ее установки из источника:

Чтобы предотвратить случай, если что-то пойдет не так, мы должны заменить make install на checkinstall:

sudo apt-get update && sudo apt-get install checkinstall

Зависимости: В окне терминала мы выполняем:

sudo apt-get install libtool* mpich-dev* lapack* guile-2.0 guile-2.0-dev readline-dev fftw3-* paraview hdf5-* gcc-c++ scalapack-* paraview*

Переменные среды: В окне терминала мы выполняем:

gedit .bashrc

Вы можете использовать другие текстовые редакторы, если хотите. Перейдите к последней строке и закончите здесь:

LDFLAGS="-L/usr/local/lib -lm" export LDFLAGS
CPPFLAGS="-I/usr/local/include" export CPPFLAGS
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH" export LD_LIBRARY_PATH
PATH=/lib64/mpich/bin:$PATH export PATH

Создайте каталог t и введите туда:

mkdir t
cd t

Загрузите, скомпилируйте и установите библиотеку FFTW с поддержкой MPI. Эта библиотека уже была установлена на этапе 1, но библиотека hdf5 по какой-то причине работает неправильно. Поэтому необходимо скомпилировать и установить его из исходных кодов: для этой цели в окне терминала мы выполняем:

wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.14.tar.gz
tar -xf hdf5-1.8.14.tar.gz
cd hdf5-1.8.14
CC=mpicc CXX=mpicxx F77=mpif77 ./configure –-enable-parallel –prefix=/usr/local
make -j4
sudo checkinstall
cd ..

Библиотека Libctl: в том же месте мы выполняем:

wget http://ab-initio.mit.edu/libctl/libctl-3.2.2.tar.gz
tar -xf libctl-3.2.2.tar.gz
cd libctl-3.2.2
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4
sudo checkinstall
cd ..

MPB: мы компилируем и устанавливаем без поддержки MPI и OpenMP:

wget http://ab-initio.mit.edu/mpb/mpb-1.5.tar.gz
tar -xf mpb-1.5.tar.gz
cd mpb-1.5/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4 
sudo checkinstall
make distclean

При поддержке MPI и OpenMP:

CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi --with-openmp
make -j4 
sudo checkinstall
cd ..

Harminv. Выполнить:

wget http://ab-initio.mit.edu/harminv/harminv-1.4.tar.gz
tar -xf harminv-1.4.tar.gz
cd harminv-1.4/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make
sudo checkinstall
cd ..

MEEP. Без поддержки MPI и OpenMP:

wget http://ab-initio.mit.edu/meep/meep-1.3.tar.gz
tar -xf meep-1.3.tar.gz
cd meep-1.3/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4
sudo checkinstall
make distclean

При поддержке MPI и OpenMP:

CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi
make -j4
sudo checkinstall

h5utils. Программы MPB и MEEP сохраняют результаты вычислений в файлах с расширением .h5. Примечание. Этот пакет (h5utils) содержит набор программ для работы с h5-файлами, таких как h5topng (для преобразования h5-файлов в графический формат png), h5tovtk (преобразование в формат vtk, удобный для отображения с помощью Paraview) и h5totxt (преобразование в текстовый формат). Если не устанавливать и использовать эти программы, то многие результаты расчета будут просто недоступны для просмотра.

wget http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
tar -xf http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
cd h5utils-1.12.1
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4 
sudo checkinstall
cd ..

Если это произошло, так что выполнение команды «make-j4» было прервано ошибкой «[writepng.o] Error 1», то вместо трех последних команд мы выполняем:

make h5totxt
make h5tovtk
sudo mv h5tovtk /usr/local/bin/
sudo mv h5totxt /usr/local/bin/
cd ..

Для получения дополнительной информации см. это.

this

Olimjon · Answer 1 · 18 July 2018 в 05:21

Если в официальном репозитории нет версии MEEP, вы можете рассмотреть возможность ее установки из источника:

Чтобы предотвратить случай, если что-то пойдет не так, мы должны заменить make install на checkinstall:

sudo apt-get update && sudo apt-get install checkinstall

Зависимости: В окне терминала мы выполняем:

sudo apt-get install libtool* mpich-dev* lapack* guile-2.0 guile-2.0-dev readline-dev fftw3-* paraview hdf5-* gcc-c++ scalapack-* paraview*

Переменные среды: В окне терминала мы выполняем:

gedit .bashrc

Вы можете использовать другие текстовые редакторы, если хотите. Перейдите к последней строке и закончите здесь:

LDFLAGS="-L/usr/local/lib -lm" export LDFLAGS
CPPFLAGS="-I/usr/local/include" export CPPFLAGS
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH" export LD_LIBRARY_PATH
PATH=/lib64/mpich/bin:$PATH export PATH

Создайте каталог t и введите туда:

mkdir t
cd t

Загрузите, скомпилируйте и установите библиотеку FFTW с поддержкой MPI. Эта библиотека уже была установлена на этапе 1, но библиотека hdf5 по какой-то причине работает неправильно. Поэтому необходимо скомпилировать и установить его из исходных кодов: для этой цели в окне терминала мы выполняем:

wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.14.tar.gz
tar -xf hdf5-1.8.14.tar.gz
cd hdf5-1.8.14
CC=mpicc CXX=mpicxx F77=mpif77 ./configure –-enable-parallel –prefix=/usr/local
make -j4
sudo checkinstall
cd ..

Библиотека Libctl: в том же месте мы выполняем:

wget http://ab-initio.mit.edu/libctl/libctl-3.2.2.tar.gz
tar -xf libctl-3.2.2.tar.gz
cd libctl-3.2.2
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4
sudo checkinstall
cd ..

MPB: мы компилируем и устанавливаем без поддержки MPI и OpenMP:

wget http://ab-initio.mit.edu/mpb/mpb-1.5.tar.gz
tar -xf mpb-1.5.tar.gz
cd mpb-1.5/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4 
sudo checkinstall
make distclean

При поддержке MPI и OpenMP:

CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi --with-openmp
make -j4 
sudo checkinstall
cd ..

Harminv. Выполнить:

wget http://ab-initio.mit.edu/harminv/harminv-1.4.tar.gz
tar -xf harminv-1.4.tar.gz
cd harminv-1.4/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make
sudo checkinstall
cd ..

MEEP. Без поддержки MPI и OpenMP:

wget http://ab-initio.mit.edu/meep/meep-1.3.tar.gz
tar -xf meep-1.3.tar.gz
cd meep-1.3/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4
sudo checkinstall
make distclean

При поддержке MPI и OpenMP:

CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi
make -j4
sudo checkinstall

h5utils. Программы MPB и MEEP сохраняют результаты вычислений в файлах с расширением .h5. Примечание. Этот пакет (h5utils) содержит набор программ для работы с h5-файлами, таких как h5topng (для преобразования h5-файлов в графический формат png), h5tovtk (преобразование в формат vtk, удобный для отображения с помощью Paraview) и h5totxt (преобразование в текстовый формат). Если не устанавливать и использовать эти программы, то многие результаты расчета будут просто недоступны для просмотра.

wget http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
tar -xf http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
cd h5utils-1.12.1
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4 
sudo checkinstall
cd ..

Если это произошло, так что выполнение команды «make-j4» было прервано ошибкой «[writepng.o] Error 1», то вместо трех последних команд мы выполняем:

make h5totxt
make h5tovtk
sudo mv h5tovtk /usr/local/bin/
sudo mv h5totxt /usr/local/bin/
cd ..

Для получения дополнительной информации см. это.

this

Olimjon · Answer 2 · 24 July 2018 в 18:18

Если в официальном репозитории нет версии MEEP, вы можете рассмотреть возможность ее установки из источника:

Чтобы предотвратить случай, если что-то пойдет не так, мы должны заменить make install на checkinstall:

sudo apt-get update && sudo apt-get install checkinstall

Зависимости: В окне терминала мы выполняем:

sudo apt-get install libtool* mpich-dev* lapack* guile-2.0 guile-2.0-dev readline-dev fftw3-* paraview hdf5-* gcc-c++ scalapack-* paraview*

Переменные среды: В окне терминала мы выполняем:

gedit .bashrc

Вы можете использовать другие текстовые редакторы, если хотите. Перейдите к последней строке и закончите здесь:

LDFLAGS="-L/usr/local/lib -lm" export LDFLAGS
CPPFLAGS="-I/usr/local/include" export CPPFLAGS
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH" export LD_LIBRARY_PATH
PATH=/lib64/mpich/bin:$PATH export PATH

Создайте каталог t и введите туда:

mkdir t
cd t

Загрузите, скомпилируйте и установите библиотеку FFTW с поддержкой MPI. Эта библиотека уже была установлена на этапе 1, но библиотека hdf5 по какой-то причине работает неправильно. Поэтому необходимо скомпилировать и установить его из исходных кодов: для этой цели в окне терминала мы выполняем:

wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.14.tar.gz
tar -xf hdf5-1.8.14.tar.gz
cd hdf5-1.8.14
CC=mpicc CXX=mpicxx F77=mpif77 ./configure –-enable-parallel –prefix=/usr/local
make -j4
sudo checkinstall
cd ..

Библиотека Libctl: в том же месте мы выполняем:

wget http://ab-initio.mit.edu/libctl/libctl-3.2.2.tar.gz
tar -xf libctl-3.2.2.tar.gz
cd libctl-3.2.2
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4
sudo checkinstall
cd ..

MPB: мы компилируем и устанавливаем без поддержки MPI и OpenMP:

wget http://ab-initio.mit.edu/mpb/mpb-1.5.tar.gz
tar -xf mpb-1.5.tar.gz
cd mpb-1.5/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4 
sudo checkinstall
make distclean

При поддержке MPI и OpenMP:

CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi --with-openmp
make -j4 
sudo checkinstall
cd ..

Harminv. Выполнить:

wget http://ab-initio.mit.edu/harminv/harminv-1.4.tar.gz
tar -xf harminv-1.4.tar.gz
cd harminv-1.4/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make
sudo checkinstall
cd ..

MEEP. Без поддержки MPI и OpenMP:

wget http://ab-initio.mit.edu/meep/meep-1.3.tar.gz
tar -xf meep-1.3.tar.gz
cd meep-1.3/
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4
sudo checkinstall
make distclean

При поддержке MPI и OpenMP:

CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure --with-mpi
make -j4
sudo checkinstall

h5utils. Программы MPB и MEEP сохраняют результаты вычислений в файлах с расширением .h5. Примечание. Этот пакет (h5utils) содержит набор программ для работы с h5-файлами, таких как h5topng (для преобразования h5-файлов в графический формат png), h5tovtk (преобразование в формат vtk, удобный для отображения с помощью Paraview) и h5totxt (преобразование в текстовый формат). Если не устанавливать и использовать эти программы, то многие результаты расчета будут просто недоступны для просмотра.

wget http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
tar -xf http://ab-initio.mit.edu/h5utils/h5utils-1.12.1.tar.gz
cd h5utils-1.12.1
CC=/lib64/mpich/bin/mpicc CXX=/lib64/mpich/bin/mpicxx F77=/lib64/mpich/bin/mpif77 ./configure
make -j4 
sudo checkinstall
cd ..

Если это произошло, так что выполнение команды «make-j4» было прервано ошибкой «[writepng.o] Error 1», то вместо трех последних команд мы выполняем:

make h5totxt
make h5tovtk
sudo mv h5tovtk /usr/local/bin/
sudo mv h5totxt /usr/local/bin/
cd ..

Для получения дополнительной информации см. это.

this

Вы должны использовать checkinstall вместо make install, где это возможно, чтобы легко удалять такое программное обеспечение. См. [D0] help.ubuntu.com/community/CheckInstall — muru, 13 October 2017 в 18:57
Использовал checkinstall вместо make install. — Olimjon, 13 October 2017 в 19:08

Установка новых версий MEEP

2 ответа

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: