Решение проблемы было очень простым
Click in the menu
"System"
"Preferences"
"Windows"
Then under "Movement Key"
select the radio button for "super (or "Windows Logo")
Я не знаю, так ли это так, как предполагается, оно установлено или если оно сейчас назад (я никогда не рассматривал эту настройку раньше), но моя мышь теперь корректно работает на Ubuntu 10.04
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1512841