Почему внезапно остановился мой USB-накопитель?

Невозможно синхронизировать папку, а не ее подпапки.

Одна вещь, которую вы можете сделать, это синхронизировать папку, перемещать все вложенные папки где-то в другом месте и использовать символические ссылки, чтобы заставить их отображаться внутри синхронизированная папка.

Поскольку Ubuntu One игнорирует символические ссылки, подпапки не будут синхронизированы.