Скопируйте файл .desktop и отредактируйте копию с помощью gedit (или любого текстового редактора), т. е. откройте редактор и отбросьте файл в окно редактора. Вы увидите строку, начинающуюся с Exec=, что-то вроде Exec=/path/arduino. Эта переменная должна быть изменена соответствующим образом, а затем сохраните изменения.

Если вы хотите больше узнать о файлах рабочего стола, я рекомендую:

Вопрос: Создание файлов .desktop - всего несколько вопросов Спецификация файлов рабочего стола: https://standards.freedesktop.org/desktop-entry-spec/latest/index.html

Начать с прав sudo, введя пароль

Установить gksu используя команду sudo apt-get install gksu. Теперь используйте gksu вместо sudo (Exec=gksu /path/arduino), и вам будет предложено ввести поле ввода пароля, например gparted, когда вы начинаете с файла рабочего стола.