Кажется, что Ubuntu One полностью остановил поддержку синхронизации для заметок Tomboy, у меня также была эта проблема. То, что я сделал, это просто создать папку Notes внутри моей папки Dropbox и указать мое приложение Notes Tomboy для синхронизации там. По крайней мере, есть какая-то уверенность в том, что мои заметки подкреплены облаком и знают, где они конкретно, хотя я не могу ничего сделать, если у меня нет установленного приложения Tomboy.