Мне удалось включить прокрутку с двумя пальцами, используя команду xinput. xinput без аргументов показывает все устройства ввода в системе. Apple Trackpad был устройством 9 в моем списке; Я использовал команду xinput list-props 9, чтобы увидеть все свойства для Apple Trackpad. Затем я отключил прокрутку кромки с помощью меню «Мышь и тачпад» в «Системные настройки», затем включил прокрутку с двумя пальцами (282) с помощью xinput.
xinput set-prop 9 282 1 1
Это изменение НЕ отражается в настройках System Settings -> Mouse and Touchpad, но теперь все работает.