Откройте окно терминала и инициируйте Gnucash оттуда. Вы должны увидеть сообщения об ошибках в терминале, которые помогут вам обнаружить проблему.
Журналы (поскольку Empathy 2.31.4) сохраняются в ~/.local/share/TpLogger/logs. Посмотрите там и удалите файл определенного пользователя.