Вы можете запустить eclipse из репозиториев ubuntu с помощью root пользователя. Отредактируйте доступные узлы обновления, потому что они не изменены с момента выпуска helios. Затем проверьте наличие обновлений и установите обновления. После этого вы снова запустите eclipse как обычный пользователь.