Выполнение резервного копирования во время обновления не рекомендуется. Типичным случаем, когда требуется резервное копирование, является случай, когда обновление нарушено. Поэтому я рекомендую сделать резервную копию после проверки вашего обновления в порядке.
Однако это полностью зависит от того, какие файлы были резервными. Если это / home, то только обновление пакета в то же время может не нанести большого вреда.
Skype является проприетарным приложением, и они не предлагают сборки PowerPC. Если вы можете запустить сборку i386, она доступна в партнерской PPA.