Я столкнулся с одной статьей, которая дает код для того, чтобы сделать update-apt-xapi хорошим, и уменьшить использование ЦП. Прочитайте его здесь.
Я еще не проверял его лично, но я собираюсь - и поток комментариев дает доказательства положительных результатов.
Обновление - связанная статья предоставляет некоторые строки для добавления / изменения в файле cron, чтобы уменьшить процессор во время обновления. Как оказалось, эти строки уже присутствовали в моем случае, поэтому мне не помогло. Могу изменить ситуацию для других.