Он не «перенаправляет» вывод, а выводит результат программы и использует его как вход, а файл не принимает входные данные, а имена файлов в качестве аргументов, которые затем проверяются. Переопределения не передают эти имена файлов в качестве аргументов, которые ни один из них не выполняет, а что дальше.
Что вы можете сделать, это прочитать имена файлов из файла с опцией --files-from, если у вас есть файл, список которого все файлы, которые вы хотите протестировать, иначе просто передайте пути к вашим файлам в качестве аргументов.