Какой сценарий следует использовать для удаления приложений, не связанных с разработкой Eclipse, без нарушения функций графического интерфейса?

Вы можете попробовать переключиться на Unity 2D, что в меньшей степени зависит от видеокарты. Вы переключаетесь на него, нажимая кнопку рядом с полем пароля при входе в систему. Это называется Ubuntu 2D.