случайные всплески активности процессора

Убедитесь, что вы используете 32-битную версию на 64-битной машине, вы устанавливаете 32-битные библиотеки (ia32libs-multiarch, я думаю, это пакет в Precise).

В качестве альтернативы, если вы пытаетесь для запуска 64-битного Eclipse на 32-битной машине вам нужно загрузить 32-битную версию.