Это происходит после приостановки? Если да, в терминальном прогоне
$ ps aux | grep suspend
Если вы видите зависающее приостановленное задание, это предотвращает выключение. Заполните его с помощью
$ sudo kill -9 NNNN
(Заполните номер задания из вывода ps )
Это никогда не случалось со мной до 16.04, теперь часто бывает!