Gnome 3 после запуска имеет графические проблемы

В документации MySQL имеется некоторая информация о ошибках подключения. AFAIK вам нужно будет разрешить доступ даже на локальном хосте, изменив параметр конфигурации bind-address: вам нужно будет установить его явно на 127.0.0.1, чтобы MySQL ожидал подключения localhost. Там должен быть файл конфигурации /etc/mysql/my.conf или /etc/mysql/my.cnf