В вашей логике есть две проблемы.
Проблема №1: автозапуск должен быть включен для запуска любого сценария.
Проблема № 2: удаление файлы потребуют, чтобы скрипт работал как ваш пользователь или принадлежал группе, которая может удалить эти файлы. Например, мой пользователь пытается удалить файл из testuser:
$ LC_ALL=C rm /home/testuser/examples.desktop
rm: remove write-protected regular file '/home/testuser/examples.desktop'? y
rm: cannot remove '/home/testuser/examples.desktop': Permission denied
Мой пользователь не принадлежит группе testuser, поэтому не может его удалить.