См. эту ссылку о том, зачем пытаться обрабатывать (анализировать) вывод ls является рискованным.
Вместо этого получите количество ссылок на каталог (см. man stat), вычесть 2 ( для записей . и ..).
dir=$PWD
Nfiles=$(( $(stat --printf=%h $dir) - 2 ))
Примечание: это подсчет файлов и каталогов в $dir. Подсчет двух отдельно - это другая проблема.