В нижней части страницы говорится «Двоичные пакеты, созданные этим источником», и там вы должны нажать ссылку «Bowtie2». На следующей странице показано 3 варианта для выбора, поэтому выберите опцию 2.2.4-2. На следующей странице в правом верхнем углу окна «Загружаемые файлы» и там вы хотите нажать «bowtie2_2.2.4-2_amd64.deb», который загрузит установочный пакет. Имейте Gdebi, установите его, и вы идете.