У меня когда-то была проблема, когда rsync всегда копировал все файлы каждый раз. Затем я узнал, что это происходит из-за синхронизации между окнами и linux, а первая имеет более низкую точность времени.
Я решил проблему, добавив параметр --modify-window=1 в команду rsync, которая сравнивает времена мод с уменьшенная точность.