apt-get clean, чтобы удалить старые архивы загрузки пакетов один раз в то время, не идет не так, я не уверен, что есть что-то, что делает это автоматически.
Журналы будут обработаны для вас с помощью logrotate .
/ tmp очищается для вас при каждой перезагрузке.