Как вы входите в систему при первом запуске новой установки?

Вам нужно передать аргумент --class в каждую пусковую установку, чтобы gnome-terminal считал, что это отдельное приложение.

Вы можете сделать это, просто сделав пользовательскую пусковую установку для одного из них (возможно, mc ) и передать его

gnome-terminal -e mc --disable-factory --sm-client-disable --class=mc" 

, что должно быть достаточно для Unity, чтобы классифицировать его как другое приложение, см. здесь: