Менеджер обновлений не будет собирать обновления для меня

Если вы хотите выключить гостевой Ubuntu, у вас есть два варианта:

Выключение гостевой системы с помощью VBoxManage

Управление виртуальной машиной осуществляется с помощью командной строки с помощью VBoxManage инструмент командной строки:

VBoxManage controlvm [nameofmachine] savestate       # saves the state of the VM like in suspend
VBoxManage controlvm [nameofmachine] poweroff        # simply "unplugs" the VM
VBoxManage controlvm [nameofmachine] acpipowerbutton # sends ACPI poweroff signal

Для выключения ACPI виртуальная ОС должна быть способна это сделать, а VirtualBox также может потребоваться включить поддержку ACPI для виртуальной машины.

Выключение гостевой системы из SSH

Более безопасный способ отключения машины в случае, если у вас есть SSH-доступ должен быть выпущен

user@virtualmachine: sudo poweroff

Это позаботится о том, чтобы безопасно отключить и отключить гостевую ОС.