sudo apt-get install -f не исправляет сломанные пакеты. И сейчас?

Если в «параграфах» вы подразумеваете блоки строк, разделенных пустыми строками, вы можете добавить нумерацию с помощью простой команды awk:

awk -v RS= '{print ++i, $0}' file

Чтобы сохранить пустые строки на выходе, вы можете установить переменная ORS в \n\n выглядит так:

awk -v RS= -vORS='\n\n' '{print ++i, $0}' file

Если вы хотите сохранить вывод в новый файл, вы можете использовать перенаправление следующим образом:

awk -v RS= '{print ++i, $0}' file > newfile