У меня есть совершенно та же задача, и я просто решил ее для себя, используя значки размером 1px * 1px, это не полностью удаление, но это лучшее решение, которое я мог бы найти.
Шаги : 1) загрузить значки (например, здесь)
2) Отложить (развернуть) загруженный файл в папку ~ / .icons / flags. Если нет подпапки «flags», просто создайте ее. Затем вам нужно включить отображение флагов для языков ввода в gconf:
3) Откройте gconf-editor (в Ubuntu type ALT-F2, чтобы открыть диалог «запустить приложение», а затем введите «gconf-editor
4) Перейдите в дерево папок на Рабочий стол> Gnome> Периферийные устройства> Клавиатура> Индикатор
5) Установите флажок «showFlags»,
6) Найдите значки для своих языков в папке ~ / .icons / flags, для меня это были us.svg и ru.svg. Откройте его в редакторе изображений, например Inkscape, и измените размер до 1 * 1 px (в inkscape Shift + Ctrl + D), сохраните его.