Начиная с серии 2.0.x LyX имеет встроенную поддержку XeTeX / LuaTeX. Чтобы использовать шрифт Ubuntu, вам просто нужно Doc > Settings > Fonts > Use non-TeX fonts, затем выберите Ubuntu шрифт из комбо. (Принятый ответ дает более сложное решение, чем необходимо.)