Загрузка, но не перезагрузка с внешнего жесткого диска USB, что может быть проблемой?

Это резервные копии из исходного файла. Вы можете удалить их, если они вам не нужны.

У большинства редакторов есть настройка для включения / выключения создания этих файлов резервных копий. В gedit (редактор по умолчанию) вам нужно отключить «Создать резервную копию файлов перед сохранением» в разделе «Сохранение файла» на вкладке «Редактор» в диалоговом окне «Настройки».