Просто откройте Наутилус. Перейдите в «Редактировать» → «Настройки» и измените процентное значение значков «Значки» по умолчанию (на немецком языке, Symbolansicht) (33%, 50%, 66%, 100%, 200%).
Почему этот параметр влияет на размер значков на вашем рабочем столе будет тайной навсегда! Но это самый простой способ изменить размер всех значков на рабочем столе сразу без использования какого-либо инструмента, например gconf-editor.