Вы можете использовать sudo apt-mark auto $PACKAGES, чтобы пометить пакеты как автоматически устанавливаемые снова, если вы случайно отметили их как установленные вручную.
Автоматически установленные пакеты можно удалить с помощью apt-get autoremove (или с помощью аналогичных процессов, например, через Synaptic).