Простое решение этой проблемы можно найти на форумах: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1862937
В gnome-tweaks (расширенные настройки вы должны установить его , по умолчанию это не так), в разделе «Рабочий стол» выберите «иметь файловый менеджер, обрабатывающий рабочий стол», чтобы «выключить». Это, по-видимому, приводит к исчезновению невидимого окна. Цена (по крайней мере, первая, которая приходит мне на ум) заключается в том, что у вас больше нет значков на рабочем столе. Но вы можете использовать nautilus, нет необходимости устанавливать альтернативный файловый менеджер. И не нужно делать процедуру «killall nautilus» каждый раз, когда вы входите в систему.