Gksudo и DBus

wmctrl на самом деле имеет другой флаг -p для перечисления PID.

bash-4.3$ wmctrl -lp
0x0380000a  0 4410   eagle Desktop
0x04800006  0 4275   eagle XdndCollectionWindowImp
0x04800009  0 4275   eagle unity-launcher
0x0480000c  0 4275   eagle unity-panel
0x0480000f  0 4275   eagle unity-dash
0x04800010  0 4275   eagle Hud

Как только вы это знаете, это тривиальное упражнение по извлечению PID этого окна и передача его в kill

wmctrl -lp | awk '/Window Title/{print $3}' | xargs kill