Как nautilus определяет, что такое локальный файл, а что нет?

Прежде всего, проверьте эти команды sed, они могут не делать то, что вы хотите. Например, второй, а не

sed -n s/dog/DOGGGG/g students.txt

Я думаю, что это должно быть

sed -i 's/dog/DOGGGG/g' students.txt

Прочитайте man sed и убедитесь, что они индивидуально работают, прежде чем создавать свой скрипт .

Создайте новый файл (т.е. nano yourscript.sh) и напишите #!/bin/bash, а затем ваши команды sed, заменив students.txt на $1. Этот $1 представляет первый аргумент при вызове скрипта:

#!/bin/bash
sed -e '1d' -e '$d' -e '/^$/d' $1
sed -n s/dog/DOGGGG/g $1
sed -n /JamesBrady/p $1
sed -n /derghnregnrig/p $1

С правильными командами sed. Теперь дайте разрешения на выполнение сценария:

sudo chmod 755 yourscript.sh

И запустите его, с именем файла в качестве первого аргумента:

sudo ./yourscript.sh students.txt

Вам нужна только sudo в этой последней команде, если ваш у пользователя нет разрешения на изменение student.txt.