Чтобы окончательно включить отображение скрытых файлов (и каталогов) с помощью командной строки, попробуйте
dconf write /org/gtk/settings/file-chooser/show-hidden true
Убедитесь, что вы не запускаете эту команду с правами root.
Чтобы отключить отображение скрытых файлов (и каталогов), используйте
dconf write /org/gtk/settings/file-chooser/show-hidden false
Я проверил это на GNOME nautilus 3.14.3 с помощью Ubuntu 16.04.3 LTS.
Я также видел рекомендуемые команды, но они не работали для меня.
dconf write /org/gtk/settings/show-hidden true
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences show-hidden-files true