Используя небольшую информацию из датированного Технического блога Дейва, вы можете настроить настройку порта, перейдя в gconf-editor.
В разделе desktop > gnome > remote access есть клавиша, которая говорит alternative_port и установлена к 5900. Просто измените значение на то, что вам нужно. Затем включите ключ use_alternative_port.
Другой вариант: если ваш маршрутизатор / брандмауэр поддерживает uPnp, вы можете настроить Vino для настройки в том же разделе gconf-editor.
Справка: Как использовать редактор gconf?