Смогу ли я загрузить свои липкие заметки или мне придется снова набирать их?

проще использовать synaptic.

нажмите вкладку «разделы», прокрутите вниз до java. просто выберите каждый элемент, который вы видите зеленым полем, и отметьте его для полного удаления. repeat для всех всех разделов java и всех файлов.