Я предполагаю, что диск будет поставляться с NTFS (современной файловой системой Windows). Если вы хотите использовать его только в Linux, я бы использовал ext4, который работает с 2006 года.
У меня есть диск WD Elements 500 GB, который я использую с 10.04, и он просто работает - там это не причина, по которой это не должно быть.