В /usr/bin нет qemu, но вы можете использовать qemu-system-x86_64, qemu-system-arm и т. д.
Вы можете написать:
qemu-system-x86_64 -localtime -net user -net nic -m 256 -cdrom minix.iso -hda minix.img -boot d
Но если вам нужно использовать qemu, создайте ссылку на qemu-system-x86_64 в ~/bin/qemu.