Да, это нормально

Команда sudo открывает nautilus в корневом режиме, корень root - сам root

У каждого другого пользователя есть другой домашний каталог.

Все они настроены в файле /etc/passwd. Вы должны выйти и вернуться после редактирования этого файла, чтобы изменения в домашней папке вступили в силу. Если вы не являетесь продвинутым пользователем, я бы вообще не рекомендовал редактировать этот файл, но я упомянул об этом на случай, если вам будет интересно просмотреть его и узнать, как это работает.

Дом пользователя «root» напрямую устанавливается по умолчанию /root, тогда как обычные каталоги обычных пользователей по умолчанию устанавливаются на /home/*username*. Обычно нет никакой причины переместить домашний каталог.

При запуске графической программы с привилегиями root с помощью gksu / gksudo ваш домашний каталог обычно будет отображаться как /root (это объясняет, почему ). Это нормально, и только потому, что вы используете привилегии root (которые вам редко нужно использовать, если вы правильно настроили все).