Проблема с секвенсером ДНК

Недавно я получил секвенсор genion (DNA) Minion USB, который, к моему разочарованию, кажется, не работает в Ubuntu должным образом.

Я использую выпуск Ubuntu 12.04. Секвенсор правильно обнаруживается скриптом / драйвером, который поставляется с ним, но, похоже, не может обнаружить образец.

Я прикрепляю скриншот этого процесса. Любая помощь будет принята с благодарностью!

enter image description here [/g0]

11
задан 11 June 2012 в 22:51

26 ответов

Возможно ли, что срок службы устройства на 6 часов превышен? Похоже, что это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MINION должна быть вашим основным контактом для решения этой проблемы, так как появляется сообщение о том, что программа взаимодействует с устройством.

Chris

0
ответ дан 25 July 2018 в 18:33

Дикое предположение: может ли это проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске как обычный пользователь, но для выполнения других операций требуются привилегии root. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseq и посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите работать как root все время, вы можете отслеживать файлы (-и) устройства и изменять их разрешения, чтобы предоставить вам доступ к устройству, используя обычную учетную запись. Это, вероятно, связано с созданием правил udev. Я не буду вдаваться в это, потому что это решение немного длинное.

1
ответ дан 25 July 2018 в 18:33

Увидев, что устройство правильно распознается скриптом, кажется более вероятным, что ваша проблема связана с секреторной секцией генов, а не с проблемой Ubuntu. Существуют ли какие-либо другие утилиты, которые позволят вам общаться с вашим секвенсором для любых других функций, возможно, для процедуры калибровки? Если Ubuntu может связаться с машиной и заставить ее делать другие вещи, я бы ожидал, что проблема будет связана с секвенсором гена, а не с компьютером. Еще один возможный тест - попробовать использовать другую операционную систему, если есть программное обеспечение. Наконец, убедитесь, что у вас есть последняя версия прошивки, и что программное обеспечение, которое вы используете для подключения, обновлено.

2
ответ дан 25 July 2018 в 18:33

Дикое предположение: может ли это проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске как обычный пользователь, но для выполнения других операций требуются привилегии root. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseq и посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите работать как root все время, вы можете отслеживать файлы (-и) устройства и изменять их разрешения, чтобы предоставить вам доступ к устройству, используя обычную учетную запись. Это, вероятно, связано с созданием правил udev. Я не буду вдаваться в это, потому что это решение немного длинное.

1
ответ дан 31 July 2018 в 10:49

Возможно ли, что срок службы устройства на 6 часов превышен? Похоже, что это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MINION, возможно, будет вашим основным контактом для решения этой проблемы, поскольку появляется сообщение о том, что программа взаимодействует с устройством.

Chris

0
ответ дан 31 July 2018 в 10:49

Увидев, что устройство правильно распознается скриптом, кажется более вероятным, что ваша проблема связана с секреторной секцией генов, а не с проблемой Ubuntu. Существуют ли какие-либо другие утилиты, которые позволят вам общаться с вашим секвенсором для любых других функций, возможно, для процедуры калибровки? Если Ubuntu может связаться с машиной и заставить ее делать другие вещи, я бы ожидал, что проблема будет связана с секвенсором гена, а не с компьютером. Еще один возможный тест - попробовать использовать другую операционную систему, если есть программное обеспечение. Наконец, убедитесь, что у вас есть последняя версия прошивки, и что программное обеспечение, которое вы используете для подключения, обновлено.

2
ответ дан 31 July 2018 в 10:49

Дикое предположение: может ли это проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске как обычный пользователь, но для выполнения других операций требуются привилегии root. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseq и посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите работать как root все время, вы можете отслеживать файлы (-и) устройства и изменять их разрешения, чтобы предоставить вам доступ к устройству, используя обычную учетную запись. Это, вероятно, связано с созданием правил udev. Я не буду вдаваться в это, потому что это решение немного длинное.

1
ответ дан 31 July 2018 в 11:53

Возможно ли, что срок службы устройства на 6 часов превышен? Похоже, что это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MINION должна быть вашим основным контактом для решения этой проблемы, так как появляется сообщение о том, что программа взаимодействует с устройством.

Chris

0
ответ дан 31 July 2018 в 11:53

Дикое предположение: может ли это проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске как обычный пользователь, но для выполнения других операций требуются привилегии root. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseq и посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите работать как root все время, вы можете отслеживать файлы (-и) устройства и изменять их разрешения, чтобы предоставить вам доступ к устройству, используя обычную учетную запись. Это, вероятно, связано с созданием правил udev. Я не буду вдаваться в это, потому что это решение немного длинное.

1
ответ дан 2 August 2018 в 00:43

Возможно ли, что срок службы устройства на 6 часов превышен? Похоже, что это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MINION должна быть вашим основным контактом для решения этой проблемы, так как появляется сообщение о том, что программа взаимодействует с устройством.

Chris

0
ответ дан 2 August 2018 в 00:43

Увидев, что устройство правильно распознается скриптом, кажется более вероятным, что ваша проблема связана с секреторной секцией генов, а не с проблемой Ubuntu. Существуют ли какие-либо другие утилиты, которые позволят вам общаться с вашим секвенсором для любых других функций, возможно, для процедуры калибровки? Если Ubuntu может связаться с машиной и заставить ее делать другие вещи, я бы ожидал, что проблема будет связана с секвенсором гена, а не с компьютером. Еще один возможный тест - попробовать использовать другую операционную систему, если есть программное обеспечение. Наконец, убедитесь, что у вас есть последняя версия прошивки, и что программное обеспечение, которое вы используете для подключения, обновлено.

2
ответ дан 2 August 2018 в 00:43

Возможно ли, что срок службы устройства на 6 часов превышен? Похоже, что это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MINION должна быть вашим основным контактом для решения этой проблемы, так как появляется сообщение о том, что программа взаимодействует с устройством.

Chris

0
ответ дан 4 August 2018 в 16:13

Дикое предположение: может ли это проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске как обычный пользователь, но для выполнения других операций требуются привилегии root. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseq и посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите работать как root все время, вы можете отслеживать файлы (-и) устройства и изменять их разрешения, чтобы предоставить вам доступ к устройству, используя обычную учетную запись. Это, вероятно, связано с созданием правил udev. Я не буду вдаваться в это, потому что это решение немного длинное.

1
ответ дан 4 August 2018 в 16:13

Увидев, что устройство правильно распознается скриптом, кажется более вероятным, что ваша проблема связана с секреторной секцией генов, а не с проблемой Ubuntu. Существуют ли какие-либо другие утилиты, которые позволят вам общаться с вашим секвенсором для любых других функций, возможно, для процедуры калибровки? Если Ubuntu может связаться с машиной и заставить ее делать другие вещи, я бы ожидал, что проблема будет связана с секвенсором гена, а не с компьютером. Еще один возможный тест - попробовать использовать другую операционную систему, если есть программное обеспечение. Наконец, убедитесь, что у вас есть последняя версия прошивки, и что программное обеспечение, которое вы используете для подключения, обновлено.

2
ответ дан 4 August 2018 в 16:13

Возможно ли, что срок службы устройства на 6 часов превышен? Похоже, что это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MINION должна быть вашим основным контактом для решения этой проблемы, так как появляется сообщение о том, что программа взаимодействует с устройством.

Chris

0
ответ дан 6 August 2018 в 00:52

Дикое предположение: может ли это проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске как обычный пользователь, но для выполнения других операций требуются привилегии root. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseq и посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите работать как root все время, вы можете отслеживать файлы (-и) устройства и изменять их разрешения, чтобы предоставить вам доступ к устройству, используя обычную учетную запись. Это, вероятно, связано с созданием правил udev. Я не буду вдаваться в это, потому что это решение немного длинное.

1
ответ дан 6 August 2018 в 00:52

Увидев, что устройство правильно распознается скриптом, кажется более вероятным, что ваша проблема связана с секреторной секцией генов, а не с проблемой Ubuntu. Существуют ли какие-либо другие утилиты, которые позволят вам общаться с вашим секвенсором для любых других функций, возможно, для процедуры калибровки? Если Ubuntu может связаться с машиной и заставить ее делать другие вещи, я бы ожидал, что проблема будет связана с секвенсором гена, а не с компьютером. Еще один возможный тест - попробовать использовать другую операционную систему, если есть программное обеспечение. Наконец, убедитесь, что у вас есть последняя версия прошивки, и что программное обеспечение, которое вы используете для подключения, обновлено.

2
ответ дан 6 August 2018 в 00:52

Дикое предположение: может ли это проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске как обычный пользователь, но для выполнения других операций требуются привилегии root. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseq и посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите работать как root все время, вы можете отслеживать файлы (-и) устройства и изменять их разрешения, чтобы предоставить вам доступ к устройству, используя обычную учетную запись. Это, вероятно, связано с созданием правил udev. Я не буду вдаваться в это, потому что это решение немного длинное.

1
ответ дан 7 August 2018 в 18:17

Возможно ли, что срок службы устройства на 6 часов превышен? Похоже, что это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MINION должна быть вашим основным контактом для решения этой проблемы, так как появляется сообщение о том, что программа взаимодействует с устройством.

Chris

0
ответ дан 7 August 2018 в 18:17

Увидев, что устройство правильно распознается скриптом, кажется более вероятным, что ваша проблема связана с секреторной секцией генов, а не с проблемой Ubuntu. Существуют ли какие-либо другие утилиты, которые позволят вам общаться с вашим секвенсором для любых других функций, возможно, для процедуры калибровки? Если Ubuntu может связаться с машиной и заставить ее делать другие вещи, я бы ожидал, что проблема будет связана с секвенсором гена, а не с компьютером. Еще один возможный тест - попробовать использовать другую операционную систему, если есть программное обеспечение. Наконец, убедитесь, что у вас есть последняя версия прошивки, и что программное обеспечение, которое вы используете для подключения, обновлено.

2
ответ дан 7 August 2018 в 18:17

Дикое предположение: может ли это проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске как обычный пользователь, но для выполнения других операций требуются привилегии root. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseq и посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите работать как root все время, вы можете отслеживать файлы (-и) устройства и изменять их разрешения, чтобы предоставить вам доступ к устройству, используя обычную учетную запись. Это, вероятно, связано с созданием правил udev. Я не буду вдаваться в это, потому что это решение немного длинное.

1
ответ дан 10 August 2018 в 07:02

Возможно ли, что срок службы устройства на 6 часов превышен? Похоже, что это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MINION должна быть вашим основным контактом для решения этой проблемы, так как появляется сообщение о том, что программа взаимодействует с устройством.

Chris

0
ответ дан 10 August 2018 в 07:02

Увидев, что устройство правильно распознается скриптом, кажется более вероятным, что ваша проблема связана с секреторной секцией генов, а не с проблемой Ubuntu. Существуют ли какие-либо другие утилиты, которые позволят вам общаться с вашим секвенсором для любых других функций, возможно, для процедуры калибровки? Если Ubuntu может связаться с машиной и заставить ее делать другие вещи, я бы ожидал, что проблема будет связана с секвенсором гена, а не с компьютером. Еще один возможный тест - попробовать использовать другую операционную систему, если есть программное обеспечение. Наконец, убедитесь, что у вас есть последняя версия прошивки, и что программное обеспечение, которое вы используете для подключения, обновлено.

2
ответ дан 10 August 2018 в 07:02

Дикое предположение: может ли это проблема с разрешениями? Некоторые устройства работают нормально для некоторых операций при запуске как обычный пользователь, но для выполнения других операций требуются привилегии root. Таким образом, вы можете попробовать sudo ./gseq и посмотреть, поможет ли это. Если это помогает, но вы не хотите работать как root все время, вы можете отслеживать файлы (-и) устройства и изменять их разрешения, чтобы предоставить вам доступ к устройству, используя обычную учетную запись. Это, вероятно, связано с созданием правил udev. Я не буду вдаваться в это, потому что это решение немного длинное.

1
ответ дан 15 August 2018 в 19:00

Возможно ли, что срок службы устройства на 6 часов превышен? Похоже, что это скорее ошибка устройства или проблема процесса. Техническая поддержка MINION должна быть вашим основным контактом для решения этой проблемы, так как появляется сообщение о том, что программа взаимодействует с устройством.

Chris

0
ответ дан 15 August 2018 в 19:00

Увидев, что устройство правильно распознается скриптом, кажется более вероятным, что ваша проблема связана с секреторной секцией генов, а не с проблемой Ubuntu. Существуют ли какие-либо другие утилиты, которые позволят вам общаться с вашим секвенсором для любых других функций, возможно, для процедуры калибровки? Если Ubuntu может связаться с машиной и заставить ее делать другие вещи, я бы ожидал, что проблема будет связана с секвенсором гена, а не с компьютером. Еще один возможный тест - попробовать использовать другую операционную систему, если есть программное обеспечение. Наконец, убедитесь, что у вас есть последняя версия прошивки, и что программное обеспечение, которое вы используете для подключения, обновлено.

2
ответ дан 15 August 2018 в 19:00
  • 1
    Есть еще одна вещь, о которой я собираюсь рассказать, то есть запуск ее из оболочки может не дать максимальной отдачи от приоритета. Это оксфордский секвенсор, который нуждается в полной аутентификации, прежде чем можно разрешить их сетку. У него нет достаточной информации для запуска и доступа к образцу - вот что я думаю. – all4naija 15 June 2012 в 05:14
  • 2
    Это автономный секвенсор ДНК. Это интерфейс, скорее всего, обычный USB-адаптер последовательного порта, с которым связан данный сценарий, - который, кажется, работает правильно. Я согласен, что проблема, вероятно, связана с секвенсером, а не с интерфейсом с компьютером. GridION не является «облачным вычислением». платформу, это параллельный массив секвенсеров генов для более крупных заданий. – Adrian 16 June 2012 в 03:10
  • 3
    Для получения дополнительной информации: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/… – all4naija 16 June 2012 в 03:55

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: